La découverte de 12 haches en bronze datées de 750 avant JC (conservées au musée de Rennes), ainsi que la présence d'une stèle gauloise de 500 avant JC à la Trinité, témoignent d'une occupation humaine des lieux dès la fin de l'âge de bronze.

La période romaine a laissé une borne milliaire ainsi que 300 mètres de chemin dans la vallée du Palus (qui signifie marécage en latin).

Le nom de Plouha viendrait de l'ancien breton ploe qui signifie paroisse et de Zaz saint breton portant un nom biblique d'Adam, en gallois Adda. Ce nom aurait été porté par le saint ou chef ayant donné son nom à la paroisse au VIe siècle ou VIIe siècle.

Plouha est cité pour la première fois dans une charte de l'abbaye de Saint-Riom et dans une bulle du pape Innocent III en 1198. L'église de « Ploeha » est ensuite citée, à partir de 1212, dans les chartes de l'abbaye de Beauport.

Les comtes de Goëlo sont seigneurs de Plouha du XIIe au XVe siècle. Ils y fondent la chapelle de Kermaria au XIIIème siècle. La seigneurie passe ensuite aux mains des Rohan jusqu'au XVIIIe siècle puis des Melun. La paroisse compte de très nombreux représentants d'une noblesse ancienne et très pauvre qui pose l'épée au bord du champ pour aller labourer d'où l'adage « noblez Plouha, noblez netra » ( noble de Plouha noble de rien du tout).

Depuis le XIIe siècle, Plouha est connu comme la frontière linguistique du breton.

Durant les guerres de la Ligue, Plouha est le théâtre de plusieurs affaires ainsi que pendant la période révolutionnaire. Un ravitaillement d'une centaine de chouans sur la plage du Palus échoua en mars 1794 : une troupe révolutionnaire les extermina tous. La plage du Palus fut également le théâtre d'évasion de nombreux nobles. En l'an VIII, des chouans se livrèrent à des pillages et assassinats.

Au XIXème siècle, la population cultive le lin à grande échelle et fournit également de nombreux équipages pour la marine et la pêche à terre-Neuve.

Au XXème siècle, Plouha est un haut lieu de résistance avec le réseau d'évasion Schelburn qui a permis a 135 aviateurs alliés tombés sur le sol de France de regagner l'Angleterre par la mer.